為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場進行調查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時，他注意到了貼在地板上的走位標記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當他準備麻醉小五郎時，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經沒有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒想到小五郎竟然單獨找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要勸她自首？

無法渡海，大家只能暫時待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進行一番調查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

在從伊豆回來的路上，因為小五郎的車子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時，山莊里的3人正在新制品藥物社內研究的關鍵時刻。第三開發(fā)部部長平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場柯南卻有著不一樣的看法。

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經搶了他大出風頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發(fā)高燒的情況下想起過去碰到的命案。那是與新一去紐約時發(fā)生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開演前的舞臺陳設，不想這時卻發(fā)生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無法躲避，危機時刻，小蘭挺身而出。