柯南找來訂書機(jī)、剪刀和繩子后，就突然不見了蹤影，就在大家忙著找他時，一聲尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗戶的房間，繼而，柯南又不顧大家阻撓跑到樹林里，趁園子不注意的時候?qū)⑺樽恚杷谥笓]小蘭把兇手的殺人方法再現(xiàn)，將一切解釋清楚之后，就是揭穿兇手了，他就是……

某天，小五郎收到一封請求信，一個叫中村操的人說他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見動物時鐘，所有數(shù)字型時鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時鐘里出來的恐怖妖怪，解開這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個老人和因車禍?zhǔn)軅哪贻p人。某天，柯南和朋友們?nèi)メt(yī)院看望小五郎時，碰見老人的兒子關(guān)口，當(dāng)大家討論起近期發(fā)生的銀行搶劫案時，關(guān)口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點(diǎn)的柯南，暗中觀察得知關(guān)口被那伙銀行強(qiáng)盜威脅，但最終在柯南和少年偵探團(tuán)的幫助下，關(guān)口的女兒得以解救。

柯南的班級轉(zhuǎn)來了一個叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫，俊野說曾有一個黑衣女人很賞識這幅畫，聽到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個使用假錢的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因為醉酒不起而被抱回了房間中。但在第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。