幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

白夜團利用民眾游行包圍了雷門公司，但他們真正的目的則是片助的科學忍具研究所。當大家的注意力全被雷門公司吸引時白夜團搶走了研究所的忍術資料，鹿臺意識到這一點后立即與博人等人趕了過去，他們依靠片助的跟蹤器找到了白夜團，在同伴們的掩護下鹿臺和博人追了上去，他們能阻止白夜團的陰謀嗎？

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

小櫻好不容易迎來了難得的假期，她和井野約好一起旅行，而乖巧的佐良娜則留下來看家。獨自乘坐雷車的佐良娜準備幫媽媽將玩偶送還給醫院里的孩子，但在下車的時候卻把包裹遺忘了，一向風評良好的她決定拋棄形象爬上雷車，但卻碰巧遇到了博人等人。無計可施的佐良娜遇到了蝶蝶，當她們去失物招領處時卻發現包裹被人誤領了。

神樂還是沒有辦法反抗尸澄真的命令，毫無戰意的他只能朝著博人不斷地揮舞著鲆鰈，而巳月的趕到讓事情有了轉機。巳月手中的證據讓尸澄真等人私下的劣行暴漏無疑，改革也只是為了發動戰爭的借口而已，得知自己被騙的神樂非常悔恨，博人和巳月決定出手阻止尸澄真的野心，他們能將事態控制在最小范圍嗎？