白鳥(niǎo)警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒(méi)有當(dāng)場(chǎng)死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書(shū)，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開(kāi)調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個(gè)爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會(huì)，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來(lái)的歹徒便安放炸彈報(bào)復(fù)警察。

受園子的邀請(qǐng)，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因?yàn)樵谏种忻粤寺罚詻Q定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見(jiàn)了白天見(jiàn)到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團(tuán)也越來(lái)越多。

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

如果電話一直沒(méi)人接，黑暗組織必將有所行動(dòng)，于是柯南拿起電話利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時(shí)間和地點(diǎn)，將交易時(shí)間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開(kāi)車返回東京，不料車子居然爆胎，就在這時(shí)，路上駛來(lái)一輛車，搭上順車的柯南發(fā)現(xiàn)車?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f(shuō)的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時(shí)檢查，不過(guò)柯南并沒(méi)有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？

警察在調(diào)查玲治、拓人、晴華的時(shí)候，柯南發(fā)現(xiàn)野營(yíng)車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場(chǎng)附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計(jì)卻沒(méi)有辦法確定犯人是誰(shuí)。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行，并道出了因?yàn)椴粷M以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實(shí)。