著名畫家及川武賴四部曲作品當中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設有監視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風景畫大師神原也被發現死在這個房間內，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發現了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

小五郎應邀去一個劇團監控現場狀況，查看中柯南誤入道具室，沒想到他竟然在那里聽到了演員駒塚的殺人計劃，而且自己還十分不幸的被駒塚發現并監禁了起來，計劃逃跑的這段時間內，演員伴野和矢吹陸續來到這里在道具上做手腳，得知了三個心懷鬼胎的人所制定的殺人計劃后，柯南能否在戲劇開始前阻止他們的殺人行動？

鈴木次郎吉宅邸中的大保險柜——鐵貍是由幕末的機關師三水吉右門衛制造的無法攻陷的最強保險柜。針對鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰書，揚言自己將打開那個擊退了無數盜賊的堅固門扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯動的防盜裝置，任誰想要接近保險柜都極其困難。在預告作案的當天，中森警官率領警隊進行了嚴密的布防，可是基德的第二封預告信還是出現在了保險柜前，難道他已潛入宅邸？

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。