小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說到別府溫泉最有名的莫過于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問下小五郎才說出了實情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長的女兒麻奈美，柯南根據照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開始。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

米小圈在電視上看到小區大娘的寵物狗丟了，看來小區附近有偷狗賊，米小圈非常驚慌地跑出去看耗子，剛好姜小牙也在，姜小牙總是來看耗子，現在不會再偷偷將它帶回家了，鐵頭也看了電視，匆匆忙忙來找耗子，三個人都這么關心寵物狗，鐵頭聽到米小圈同意他作孩子的哥哥，起初還很開心，當聽到姜小牙和米小圈都作了耗子的爸爸時，頓時不開心了，三個人的關系這么鐵，現在直接差輩了。三個人正說著，忽然發現狗沒了，之后匆匆忙忙去找狗，卻在小區另一側，中央公園門口一個老大爺騎車帶著耗子悠閑而去。米小圈和姜小牙鐵頭就這樣看著耗子被帶走，他們立刻給警察叔叔報了警，之后尾隨狗販子看要將狗帶去哪里。他們一路跟著到了一處小院，親眼看到耗子被關了進去，米小圈和姜小牙和鐵頭商量采用聲東擊西的方法引開爺爺，之后再偷偷潛入院子將耗子偷走。鐵頭哭不出來，姜小牙便幫忙在他大腿處狠狠掐了一把，終于鐵頭疼得哇哇大哭。鐵頭哭著稱自己找不到家，老大爺便帶著他去找家，米小圈和姜小牙便悄悄溜進院子，將耗子給抱了起來，姜小牙被一盆粉紅色的面團吸引，伸手去捏了捏，竟然整雙手都被陷了過去，米小圈趕過去幫忙，兩人都被面團黏住了。就這樣錯過了偷跑的最佳時機，不一會兒

這天，下課了，米小圈看到平時活潑的劉凱竟然坐在自己的座位上折紙，他好奇過去慫恿劉凱一起來玩，劉凱傷心地說他家破產了，爸爸以前總是特別忙，現在賦閑在家好幾天了，并且很多天都沒有吃肉，現在他也只好折紙盒兼職做外快。看到劉凱那么難過，米小圈也忍不住心酸。晚上，米小圈看到家里餐桌上只有一只雞腿，母親在啃生蘿卜，父親在喝蔬菜汁，想到白天劉凱的遭遇，忽然也有種預感，難道他的爸媽也破產了！晚上，米小圈和劉凱通電話，將他家的伙食情況告訴了劉凱，小伙伴斷定他家真的破產了。為了幫助爸媽分擔，第二天上學，米小圈和小朋友商量怎么幫助爸媽度過經濟危機，他的小伙伴建議這世界一本萬利的方法就是用自己的腦子賺錢，他們決定可以用出租漫畫書的方式，這星期三個人忙壞了，終于賺了一百塊錢。有了人生第一桶金，米小圈和鐵頭興奮地憧憬著如果全校同學都來借他們的漫畫書會掙到更多，不久，鐵頭接到一份大單，有人要租全部的漫畫書，米小圈和鐵頭興奮了整整一上午，終于去到約定的時間，對了暗號，沒想到被班長李黎給抓了包。所有漫畫書也被班主任老師扣到了辦公室。晚上，米小圈回到家，看到爸媽依然把最好的食物推到他面前，媽媽繼續啃胡蘿卜，父親僅僅喝了一