警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫(xiě)著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開(kāi)，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸?lái)到了綾華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽(tīng)到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說(shuō)家萬(wàn)田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時(shí)間內(nèi)的不在場(chǎng)證明。萬(wàn)田說(shuō)他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時(shí)也沒(méi)出過(guò)房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說(shuō)自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬(wàn)田，而萬(wàn)田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬(wàn)田也承認(rèn)了自己的罪行。

柯南在和大家一起吃壽司的時(shí)候?qū)⑿∥謇陕樽恚?dāng)面戳穿了前來(lái)領(lǐng)獎(jiǎng)的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時(shí)候，灰原說(shuō)自己在這棟公寓里遇見(jiàn)了一個(gè)穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶(hù)川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？

小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢(qián)包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱(chēng)是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢(qián)包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！