妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤(pán)，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開(kāi)倉(cāng)庫(kù)的門(mén)時(shí)，里面的寶物就全都消失不見(jiàn)，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

就在萬(wàn)由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫(xiě)著“要知道真相就一個(gè)人來(lái)”的信息！而就在柯南追過(guò)來(lái)之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬(wàn)由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬(wàn)由美之前曾來(lái)過(guò)這里。晚上萬(wàn)由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來(lái)。

柯南從一開(kāi)始知道兇手是誰(shuí)，為了證實(shí)自己的想法他又進(jìn)行了確認(rèn)，沒(méi)錯(cuò)，這個(gè)人就是浦井星江！雖然知道了兇手的真面目但是她到底使用了什么手法，因?yàn)榘赴l(fā)時(shí)她正在為小蘭看手相，根本沒(méi)機(jī)會(huì)在浦井社長(zhǎng)杯子里下毒，就在他專心思考案情時(shí)，千葉和佐藤的談話給了他啟發(fā)，同時(shí)小五郎亂丟的煙頭也指向了關(guān)鍵的線索，于是，他麻醉小五郎說(shuō)出真相。案件結(jié)束后，落寞的小蘭看著別人的甜蜜不禁流下眼淚，今年的白色情人節(jié)能收到新一的回禮嗎？

來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。

這三輛白色FD的后備箱中分別放置了釣魚(yú)桿、高爾夫球袋和橡皮艇，就在警方準(zhǔn)備進(jìn)一步調(diào)查時(shí)，曾經(jīng)與銀白魔女有過(guò)一面之緣的山村警官的奶奶否認(rèn)了銀白魔女就在他們其中，雖然沒(méi)能找到魔女，但柯南卻注意到有一組車手的供詞中有疑點(diǎn)，于是，他和小五郎再次駛向霧蒙蒙的冬名山，而魔女的白色FD也再次出現(xiàn)，這一次他們能成功狩獵魔女嗎？