茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

園子和小蘭差點(diǎn)被車撞了，由此認(rèn)識(shí)了那個(gè)司機(jī)吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒(méi)有提醒小心路上斷層的事情才導(dǎo)致了之前的驚險(xiǎn)。小蘭總覺(jué)得千惠丈夫的態(tài)度有些奇怪。在拜訪千惠家的時(shí)候小蘭她們得知千惠的丈夫?yàn)樗?gòu)買了一千萬(wàn)日元的保險(xiǎn)，疑團(tuán)逐漸增多。經(jīng)過(guò)調(diào)查，千惠丈夫的意圖最終暴露出來(lái)。

小五郎等人在去海豚樂(lè)園的路上，遇到了幾位正在進(jìn)行大學(xué)同學(xué)聚會(huì)的女子。為了接另一位大學(xué)同學(xué)，他們一起前往海豚樂(lè)園飯店卻意外發(fā)現(xiàn)她們等待已久的藤村直美被殺害了。經(jīng)過(guò)調(diào)查之后柯南確認(rèn)了兇手的身份并向大家演示了兇手利用雪糕的犯罪手法。再自己留下的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行。

小五郎的事務(wù)所里來(lái)了一個(gè)叫春菜的大學(xué)生，委托小五郎找他的尋呼機(jī)朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機(jī)和音樂(lè)盒，那以后，春菜的尋呼機(jī)上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機(jī)之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問(wèn)灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……