被害的真紀(jì)的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點一點浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

小蘭抽空和園子一起去上陶藝課，柯南暗中尾隨但被人發(fā)現(xiàn)，之后便和小蘭她們一起做陶藝，這間陶藝教室除了擔(dān)任講師的美濃先生還有他的助手笠間菊代，這時，美濃的女婿素夫剛好回來，沒有想到在他回來沒有多久竟然不見了，最后大家在倉庫內(nèi)發(fā)現(xiàn)了被人用領(lǐng)帶勒死的素夫的尸體。

旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

小五郎繼續(xù)參加預(yù)定開始的連句會。句會中八木澤因現(xiàn)場遺落的自己的物品而作為嫌疑犯被捕。聯(lián)句中柯南發(fā)現(xiàn)連句中隱藏的信息，推理出犯人但最終“沉睡的小五郎”揭穿犯人的不在場證明。原來犯人在連句的時候變寫下了挑釁的“自白”連句。而不在場證據(jù)也因為隱藏在灌木叢下的攝像機而失效。而證據(jù)便是犯人的鞋子。

正當(dāng)少年偵探團在西多摩郡龍神山游玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號所指示的地點，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。