在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí),少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影,而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān),在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕,當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見,獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語(yǔ),暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。
八號(hào)車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破,而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒有結(jié)束,在八號(hào)車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣,隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落,正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀,這一切的背后還有所隱藏,前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣?
警方、柯南以及公車上遇到過的偵探世良真純一起進(jìn)入別館進(jìn)行調(diào)查,他們?cè)诙前l(fā)現(xiàn)了帶有釣魚線的電動(dòng)輪椅,在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶,加之別館使用的是前后各有一扇門的電梯,將這些線索全部串聯(lián)起來之后,柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個(gè)人!世良先柯南一步破解案件并場(chǎng)景重新,然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣,人偶并沒有墜樓,到底是哪里出現(xiàn)了錯(cuò)誤?
和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個(gè)皮包,打開之后里面竟是3千萬的巨額鈔票,沒過多久鈔票的失主平沼先生便來到了警局。經(jīng)過調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢的時(shí)間有所出入,仔細(xì)觀察后的柯南得出了結(jié)論,平沼先生是在早上故意將錢放在路上,而他想把錢交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐,但他的用意卻讓眾人很困惑。
來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件,盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷,藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽(yáng)錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中,與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索,但卻被犯人搶先了一步,現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件,連同賈斯丁也被綁架了。