在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

柯南從無(wú)人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來(lái)電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰(shuí)在搞鬼？

小蘭和園子聊著幼稚園時(shí)的往事，新一當(dāng)時(shí)所做出的櫻花名牌推理，正是他的第一次推理，而在小蘭不知道的情況下新一一直在背后默默地守護(hù)著她。櫻花班班主任江舟論介看小蘭的眼神讓新一非常在意，他認(rèn)為這個(gè)老師是故意想要和小蘭親近，他所作出的解釋看似合理，但新一依舊無(wú)法放松警惕，新一的父親工藤優(yōu)作得知后也展開(kāi)了調(diào)查。

柯南等人幫助舊書(shū)店店主裕次郎搬運(yùn)書(shū)籍，并在書(shū)店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書(shū)店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書(shū)店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書(shū)店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書(shū)架下面……

日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非?？鄲?。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說(shuō)靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過(guò)時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。