此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產登陸委員會那里派來的缺德調查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務，委托小五郎根據他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關了起來，并強迫服部來解開楠川偵探留下的一句暗號。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因為找不到只好找了家飯店吃午飯。突然平次打了一通電話過來，要求幫忙解暗號密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號密碼的異常。此時，服部也為美里沙解開了暗號的謎題，而柯南也成功解除謎題并報警解救出平次和葉子。

電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準備返回時，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進行推理時，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

在警方調查的過程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細節(jié)，這時，有鑒識人員說兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據這些判斷出兇手是誰以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應準備后，一場精彩的推理就要開始了！