妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

玄田宅招供自己就是犯人。柯南、平次和弓長警部在玄田家里發(fā)現(xiàn)了竊聽器。而且從諸角亮子手上緊緊抓住的坐墊上找到了更有力的物證。在向諸角明和曾我操夫、權(quán)藤系子報告了搜查的結(jié)果之后的晚上，玄田家里出現(xiàn)了三個人神秘的身影，而兇手和縱火犯的真面目也終于揭曉。而兇手利用連鎖縱火案來殺害亮子的手法也水落石出。

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進(jìn)行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒錯，這些恐怖現(xiàn)象確實(shí)是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！

出席熊本網(wǎng)球大會的柯南他們，大會當(dāng)日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內(nèi)容判斷出小蘭現(xiàn)在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機(jī)中接收到的兩條短信的內(nèi)容后，知道內(nèi)容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發(fā)現(xiàn)立川的目的。頒獎典禮上立川果然當(dāng)中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復(fù)仇之路。

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。