在放學回家的路上，柯南、步美等人碰到了進出珠寶店的高木警官，便一起跟了進去，想不到在這里碰上了珠寶搶匪，于是，高木警官帶著柯南等人展開了追捕，可追到屋頂時，搶匪竟然毫不猶豫的跳了下去，摔在了樓下的搬家貨車上而身亡。巧合的是這輛貨車的雇主貓?zhí)镎撬勒吆蟠宓睦习澹履细鶕?jù)搬家公司員工的說法以及目擊者提供的零星線索斷定這是一起謀殺案件。

搞笑藝人廣松晨跑的時候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報警，不想他這個第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因為尸體擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認為自己的朋友絕對不會殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個讓人心酸的真相。

少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時黑衣組織已經(jīng)瞄準了小五郎……

警方并沒有找到柯南等人看到的當時那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準備離開的時候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官決定在離開之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……