齊蘇圖對大夫洪仁軟硬兼施，得到了一劑可以使人致瘋的藥方。齊蘇圖讓牢頭將藥放到雞湯里。紀曉嵐用散銀試出湯里有毒。為了麻痹對方，紀曉嵐假裝將湯喝下。小月在和珅手下的胡亂指示下，找遍了每個地方卻一無所獲。銀妃懇請乾隆嚴查齊家暴尸一案，乾隆應允。紀曉嵐無意中得知湯里的藥會使人致瘋，于是將計就計，開始裝瘋。小月發現了一直跟梢的劉全，知道其中有鬼。小月要進宮面圣，和珅忙加以阻攔。這時劉全來報，聽說紀曉嵐瘋了，和珅立刻變得有恃無恐起來。得知紀曉嵐失蹤，乾隆決定查個究竟。乾隆設計假裝巧遇和珅和小月，然后提出要調查吏治，誰先進牢誰贏。和珅大鬧集市，誰知官差視而不見。乾隆假裝要殺小月，官差卻見死不救。三人使盡渾身解數，終于同時入了獄，監獄里發現了瘋瘋癲癲的紀曉嵐，乾隆和小月見狀痛心疾首。乾隆怒斥順天府尹玩忽職守，將其革職查辦。紀曉嵐在大殿之上裝瘋賣傻，把和珅和齊蘇圖一頓臭罵，透露了很多隱情。

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責，紀曉嵐讓海升與其對質，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發現任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。

和珅將顏家平反的功勞全攬到自己身上，將紀曉嵐說的一無是處。如玉受到蒙騙，懇請和珅幫自己報仇。和珅將偽造的金煙桿交給如玉，讓其盜出真煙桿以陷害紀曉嵐。如玉讓戴沾里應外合，戴沾只得勉強答應。戴沾見如玉成功，為表示自己因為此舉而深感愧疚，要放棄修書。乾隆與和珅夜訪紀府，紀曉嵐在和珅的慫恿下拿出金煙桿，卻發現煙桿為偽造之物，紀曉嵐愕然。劉全建議和珅殺如玉滅口，以掩蓋煙桿之謎。和珅突然升起憐香惜玉之情。紀曉嵐為煙桿之事一籌莫展，隱隱感覺此事與和珅有關。從紀曉嵐口中得知戴沾已替自己攬下全部罪責，如玉頓時亂了方寸。戴沾表示自己并沒有認罪，如玉方才察覺自己已中了紀曉嵐的圈套。兩人爭相要替對方承擔罪責。如玉決定自首。一個殺手受劉全指使，謊稱替紀曉嵐來接如玉。如玉被帶至一荒廟。就在殺手要下手時，小月趕到，救出如玉，并告訴其和珅的真實面目，鼓勵如玉狀告和珅。

見到戴沾對紀曉嵐不屑，小月很是憤然，欲百般捉弄戴沾，卻不小心失足從樹上跌下，幸而戴沾出手相助。在乾隆的詢問下，和珅說出設計于紀曉嵐的真相。和珅道出自己已從神父處得知真相，讓紀曉嵐不要再虛張聲勢。戴沾表示要報答顏驥的救命之恩，誓要與紀曉嵐斗爭到底，如玉被戴沾的一腔正氣所折服，暗生愛慕。和珅、乾隆不相信紀曉嵐有迷魂煙草，于是紀曉嵐請來太后作證人。和珅、乾隆果然抽完后迷倒。太后很是驚訝，紀曉嵐坦言自己只是在茶里放了迷魂藥，懇請太后做主為顏驥全家平反。太后最終被紀曉嵐的一番肺腑之言所感動。和珅中了紀曉嵐的計，無奈只得說出顏驥被奸人陷害的真相。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。