被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X(qián)包不見(jiàn)了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場(chǎng)證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來(lái)。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說(shuō)下兇手最終浮出水面來(lái)。

為了在春天享受滑雪之樂(lè)，阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)搭公車(chē)前去滑雪，沒(méi)想到在新出老師和茱蒂老師上公車(chē)之后，灰原居然開(kāi)始全身發(fā)抖，就在這個(gè)時(shí)候，穿著一身滑雪裝的兩個(gè)男人將公車(chē)劫持，柯南以座位為掩護(hù)，本打算偷偷利用行動(dòng)電話(huà)通知警方，然而卻被歹徒識(shí)破并拿走了電話(huà)，歹徒是怎么準(zhǔn)確的洞察到柯南的行動(dòng)？坐在最后的三名乘客到底誰(shuí)是歹徒的同伙？他們又是通過(guò)什么來(lái)傳遞信號(hào)?

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計(jì)劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛(ài)犬協(xié)會(huì)的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時(shí)候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見(jiàn)了，后來(lái)大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項(xiàng)圈，但幸運(yùn)的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

巧遇上新出老師的三人繼續(xù)關(guān)注事態(tài)發(fā)展。在隔壁房間偷看的柯南一邊看一邊以新一的聲音聯(lián)系高木。而以日落前為約定的誓言之吻讓大家更替高木擔(dān)心。在柯南的幫助下，高木推理出了犯人。但在追捕犯人之后，日落也就在眼前了。垂頭喪氣的高木欲放棄但最終決定堅(jiān)持下去。時(shí)間到，佐藤警官遵守預(yù)定但關(guān)鍵時(shí)刻，“高木”警官竟然出現(xiàn)了？

小五郎因?yàn)橹辛瞬势睅е√m和柯南一起享受可以在南紀(jì)白濱住上一晚的旅行，并在那里結(jié)識(shí)了寫(xiě)生旅行的醫(yī)科大學(xué)學(xué)生新莊真紀(jì)，由良達(dá)彥，宮原加奈子，藤浩太，三井元，五人之間似乎有著復(fù)雜的關(guān)系。第二天毛利他們偶然遇見(jiàn)了藤浩。正巧慌張的三井給藤浩的手機(jī)打來(lái)了電話(huà)說(shuō)三段壁的樹(shù)林里發(fā)現(xiàn)真紀(jì)胸口中刀被殺。而柯南發(fā)現(xiàn)散落在現(xiàn)場(chǎng)鑰匙的疑點(diǎn)。