柯南們?nèi)⒂^步美發(fā)現(xiàn)的可愛的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務(wù)所的一部分。2天后柯南們從步美那聽說，那個房屋賣掉了。據(jù)說買主是一對70多歲的老夫婦。而在柯南他們認識那個房屋里的老太太之后，偷拍在事務(wù)所吃晚飯的柯南們的人物也出現(xiàn)了，竟然是住在閣樓的家的老夫婦！而柯南也最終發(fā)現(xiàn)了老夫婦的真實身份。

某天，一個自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團，得知這個消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重擊，已死于家中，警方經(jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

放學(xué)后，小蘭在鞋柜里發(fā)現(xiàn)了一封情書，正當(dāng)她為此而煩惱時，遇到了曾在帝丹高中上學(xué)的學(xué)姐，她說家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不僅沒偷錢，反而還給她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日記也有被人查看過的跡象，期間學(xué)姐還談起了高中時期被自己拒絕過的男生，看過照片后，小蘭說她今天見過這個男生，之后，園子將整個事件的來龍去脈推理出來，這時，學(xué)姐說她還有一件事瞞著大家……

小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機的小蘭，想用發(fā)送手機郵件的方法來確認真相。當(dāng)小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時，小蘭回想起半年前與新一的約會并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機上，而這時新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對柯南的懷疑。

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對于命案異常敏感的柯南立刻就進入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來找過北村，但兇器上并沒有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？