少年偵探隊放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因為著急想上廁所而沖進了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因為碟片里是他殺人的影像，柯南碰巧看到董事長追元太等人的時候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個叫BEE的人追殺元太，這個BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險？

情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時，柯南卻出口阻撓，因為這起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護犯案現(xiàn)場等待警察的到來。期間柯南對現(xiàn)場進行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來電話報告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認(rèn)定這并不是一起簡單的綁架案。

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時，卻發(fā)現(xiàn)這個人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識，再次認(rèn)錯人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動物園的廣播站尋人，可依舊沒有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過？這時，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說辭，破解暗號，來到了相約之地……

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……