小五郎帶柯南和小蘭為四井集團(tuán)董事長(zhǎng)千金麗花慶生，宴會(huì)結(jié)束后，大家的車(chē)都遭到不明人士的破壞，麗花決定住在別墅，一班追求者也表示留下來(lái)陪她。當(dāng)晚，麗花莫名失蹤，大家在尋找麗花時(shí)，二階堂被溺死在噴泉旁邊，之后，小蘭也遭到同樣手法的襲擊，被柯南所救，兇手利用空調(diào)致使停電，因此可以確定犯人就是別墅里的人，這時(shí)，麗花浸在水里的尸體被發(fā)現(xiàn)。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線(xiàn)上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線(xiàn)上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線(xiàn)，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車(chē)廂后，柯南對(duì)車(chē)廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話(huà)提醒了他。

就在小五郎因跟蹤一個(gè)男人三天而大賺一筆高興時(shí)，電視上播報(bào)出一個(gè)名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰(shuí)想此人正是小五郎跟蹤了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財(cái)產(chǎn)的阿部豐，可根岸被殺的時(shí)候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場(chǎng)證明，可這些沒(méi)能瞞過(guò)柯南的眼睛，他還是解開(kāi)了阿部豐的「不在場(chǎng)證明」。

小蘭找來(lái)醫(yī)生時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見(jiàn)了，她四處尋找來(lái)到了犯罪現(xiàn)場(chǎng)，而服部已經(jīng)開(kāi)始了對(duì)兇手的指認(rèn)，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動(dòng)承認(rèn)，這時(shí)，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測(cè)，并對(duì)兇手重新指認(rèn)，服部甘愿認(rèn)輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說(shuō)句話(huà)就躲了起來(lái)變回柯南，休息了三天后，他意識(shí)到老白干是讓他恢復(fù)原形的方法。

柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個(gè)深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說(shuō)少女暫時(shí)失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢(xún)問(wèn)讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車(chē)迎面開(kāi)來(lái)，但少女靈敏被避開(kāi)，調(diào)查過(guò)程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開(kāi)危險(xiǎn)，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？