柯南和小蘭受邀請一起去參加初中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個習慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因為那是她小時候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發現了犯人的目的，最后柯南讓兇手現出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

柯南和小伙伴們在河里抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數字的計算器，之后柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的162就是指162國道，找到相應的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發現。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習帶的目的后，歹徒惱羞成怒點燃屋內的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

這個從天而降死亡的人是江源，但從領結和皮帶等細節可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房間搜查時，發現房門居然上有防盜鎖，兇手把江源推下后是怎么逃脫的？在警察對其他人偵訊時，暗夜公爵將看守江源尸體的空手道高手打昏，還出現在了柯南、小蘭和佐山面前，并完全躲開了小蘭攻擊，難道說兇手就是……