步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒有檢測出反應(yīng)！就在這時柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

平松正樹刺殺了社長梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。

警察在調(diào)查玲治、拓人、晴華的時候，柯南發(fā)現(xiàn)野營車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計(jì)卻沒有辦法確定犯人是誰。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據(jù)面前，兇手最終承認(rèn)了罪行，并道出了因?yàn)椴粷M以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實(shí)。

如果電話一直沒人接，黑暗組織必將有所行動，于是柯南拿起電話利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時間和地點(diǎn)，將交易時間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開車返回東京，不料車子居然爆胎，就在這時，路上駛來一輛車，搭上順車的柯南發(fā)現(xiàn)車?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時檢查，不過柯南并沒有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？