小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個老人和因車禍受傷的年輕人。某天，柯南和朋友們去醫院看望小五郎時，碰見老人的兒子關口，當大家討論起近期發生的銀行搶劫案時，關口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點的柯南，暗中觀察得知關口被那伙銀行強盜威脅，但最終在柯南和少年偵探團的幫助下，關口的女兒得以解救。

半年前銀狐在完成了一件不露痕跡的暗殺后，消失匿跡。某日，一個叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務所委托小五郎找出銀狐，接受了他的委托后，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進行登山活動，同行的還有五個登山者高梨恒、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發生了，當晚，小五郎也遭到襲擊……

小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發現山崎社長從窗戶里掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態！調查后發現死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調查現場之后發現事實并非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發現了兇手的身份和犯罪手法。

原來幸田把從寶石店里偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來時幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個院子。但警察在挖掘后并沒有發現尸體。少年偵探團的各位在調查了綿貫家附近之后發現了綿貫殺害早苗的事實和藏尸的地點。在少年偵探團們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點。

服部和女友和葉受人委托前往鳥取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國人，這時，同樣受到武田家的邀請，為他們解開傀儡嶺蜘蛛之家謎團的柯南等人剛好從旁邊經過，在他們到達的當天晚上，武田家的長子信一在木偶倉庫的二樓吊死，接著和葉的身后出現了可疑的人影。