電視臺(tái)為了舉辦一場(chǎng)東西推理大對(duì)決，便邀請(qǐng)小五郎和服部一起來(lái)沖繩島。之后大家與電視臺(tái)的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無(wú)人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來(lái)的船只和船長(zhǎng)也消失了蹤影。

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來(lái)，并強(qiáng)迫服部來(lái)解開(kāi)楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫掃^(guò)來(lái)，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開(kāi)了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。

妃英理律師與號(hào)稱美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢(shì)必會(huì)陷入一場(chǎng)硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

在電梯邊被殺的中條寫(xiě)下暗號(hào)『○×△』。還有一個(gè)文字是在殺害現(xiàn)場(chǎng)的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語(yǔ)老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場(chǎng)所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機(jī)的存在從而推理出死亡信息的真實(shí)意義。原來(lái)死亡信息很像是文字的部分，像記號(hào)般的文字。而在對(duì)照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

為了找到兇器柯南再次返回案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并要求重新查看嫌疑人的證物，這時(shí)，他注意到了貼在地板上的走位標(biāo)記，并在這些膠帶下面發(fā)現(xiàn)了棉花，這些線索無(wú)疑讓他知道了兇器的位置以及兇手的犯案手法，正當(dāng)他準(zhǔn)備麻醉小五郎時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)麻醉針已經(jīng)沒(méi)有了，他只能直接給小五郎提供線索，沒(méi)想到小五郎竟然單獨(dú)找瑠璃談話，難道他懷疑瑠璃，所以要?jiǎng)袼允祝?/p>