之后，新一又對舞臺重新進行調查，并注意到了舞臺的活動機關，如果利用這個的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說了一句讓小蘭很介意的話。案子結束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒想到兩人找手帕的時候遇到了……

藤枝干雄被殺，雖然家中每個人的反應有著微妙的差別，但卻都有不在場證據。在警方的調查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內部作案。而在有希子詢問了園丁土肥之后眾人又發現了新的疑點。在父親工藤優作的暗示基礎上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開了事件的謎底。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發現，看到了『×』的標記，但卻不知其意。放學后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內停電，咖啡店邊的電梯發現男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發現死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

終于到了正式盜取“藍色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機，柯南在樓頂等待基德出現的時候發現樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？

正當小蘭她們陷入困境的時候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現場的情況并指出有三個奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規定只有七川值班。在新一的引導下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。