南京下令約翰案要以蔣維民伙同趙冰冰殺害約翰結案，鄭翊卻認為這并不能令美國方信服，因為張凱已經露出了足夠多的馬腳，而吳昆才在面對鄭翊時，也承認約翰案是張凱所為，此事目的是為栽贓給共產黨，好讓美國加入內戰，幫國民黨打共產黨。同時，吳昆才也透露，約翰案便是“比基尼”計劃的一部分。但鄭翊卻認定張凱便是共產黨，并拿出在趙冰冰搜出的那卷膠帶作為證明，但在吳昆才對張凱的擔保下，對此事又有了新的疑慮。在如此混亂的局勢下，俞北平心里因握有張凱的自白而安定不少。隨后，俞北平準備出門，參加會議時，發現徐丹妮身體不適，忙扶她回房間休息。在俞北平照顧她的時候，徐丹妮突然對俞北平道歉，她為自己給他惹了麻煩而愧疚不已，而俞北平在之后的交談中得知，徐丹妮已經告訴林莎張凱和趙冰冰并非共產黨。俞北平同鄭翊在會議室商談約翰案的結案問題，由于俞北平被任命為特調局代理主任，此事將主要由他來負責。為了讓美方接受結果，俞北平提出要將蔣維民、張凱、趙冰冰三人的身份作成共黨，鄭翊對此也表示贊同。林莎在同鄭翊、俞北平一同查案時，深知許多疑點，明白約翰案并非像表面看上去那么簡單。為了能進一步接近約翰案真相，林莎約曾經的戀人、特調局情報處處

孫德利告訴鄭翊謝楠出現在大馬路百貨公司，而俞北平也在附近活動，并查出俞北平在同安德森商討借航海軍艦艇的事。鄭翊聽此，深知俞北平要有大動作，忙令孫德利對此事嚴密監控。林莎去徐丹妮學校找徐丹妮的事，被一直派著保護徐丹妮的姜平看到，他告知了俞北平。俞北平知道林莎已成自己心腹大患，解決她迫在眉睫，便趁她不在之時，潛入了她的住所。他在翻找中，無意中竟發現了自己前妻阿馨和一雙兒女的相片，原來林莎上次說得那位北伐犧牲的父親就是他自己，林莎就是自己遺失多年的女兒，而她正站在自己的對立面。俞北平一時間情緒激蕩，只能深深扶額，不住流淚。隨后，俞北平同謝楠之前約好的接頭地點見面，卻不料謝楠并沒有出現，這讓他陷入了深深的擔憂中，他懷疑組織已因偽部署對他有了深深的戒心。鄭翊從吳昆才的得知當初日本侵華戰爭時所用的炸藥黑索金的事，當初為研究日方所用的黑索金，中方還專為設立了奮龍項目。如今奮龍項目雖結束，但設備仍然留在清城。隨后，鄭翊找到技術處處長張炳坤，要求他不惜一切代價，找到兩三百斤的黑索金二號，并且此事對她直接負責。張炳坤為完成鄭翊交代下的任務，偽裝成生意人找到黑市的金爺，提出要買黑索金。金爺卻不是很好打交道的

南京高層下達手諭，要求約翰案以蔣維民伙同共黨殺手趙冰冰謀害約翰的結果結案，要求立刻處決蔣維民。俞北平卻覺約翰案仍有許多疑點，對此密令不敢茍同。俞北平和鄭翊在夜間前往關押蔣維民的審訊室，蔣維民拒不認罪。而俞北平無可奈何之下，只能槍決了蔣維民。之后，吳昆才來找鄭翊告訴自己想到能讓約翰案的辦法便是將蔣維民送往南京，卻不料來遲一步，蔣維民已被處決。鄭翊告訴吳昆才俞北平的目的是拿攻防部署，他們只需要拭目以待，讓俞北平自己露出馬腳。林莎通過翻找趙冰冰的物品，發現了物品中藏有一關于攻防部署的膠卷，里面有吳昆才的編號，眾人大驚，林莎忙找鄭翊報告此事。鄭翊得知此事后，立刻帶人帶走吳昆才。吳昆才努力辯解，而鄭翊不為所動。張凱找到孫德利想同他商談貪污的事，卻從孫德利口中得知吳昆才被鄭翊帶走。張凱知道大事不妙，打電話給趙冰冰，讓她備好行李準備逃離。原來此事是俞北平一手策劃，是他在趙冰冰的首飾里放進了張瀚民給自己的《攻防部署》膠片，而上面的代碼寫了吳昆才的編號，想借此把吳昆才絆倒，以此讓約翰案真相石沉大海。為了讓計劃順利進行，俞北平到趙冰冰所處的酒店放火，讓局勢更為混亂。鄭翊通過追查這次失火事件，查到了趙冰冰。

鄭翊到清城后，暗中把吳昆才叫來，跟他交代監控俞北平的事。吳昆才雖覺得從俞北平身份上來說此舉不妥，但在鄭翊的壓力下不得不答應，隨后他從鄭翊處拿到了俞北平疑似共黨的線索。商談間，吳昆才表面上看似同意了鄭翊的觀點，但心底還是認為是高層間的內斗。次日，俞北平同吳昆才、張凱三人同林莎召開關于約翰案的案情分析會，從金湖會館匆匆趕來的張凱無意間提到了蔣維民這幾日行為反常，林莎因此對蔣維民起了懷疑。在眾人調查了蔣維民這幾個月的通話記錄后，發覺他居然偷偷替換了自己的通話錄音，并且發覺蔣維民在約翰少校出事時，同他一名叫趙冰冰的情人有所聯系。俞北平等人隨后找到蔣維民，并一同審問他。在審問過程中，蔣維民忙解釋自己是由于家庭狀況缺錢，所以壓下了日軍留在倉庫里的四十多桶石油，想通過倒賣石油賺錢。而趙冰冰那日打電話來為的也就是此事，自己是由于心虛才將通話錄音換掉。在審問蔣維民結束后，俞北平等人又到舞廳找趙冰冰調查。林莎通過詢問舞廳的老鴇發現舞女趙冰冰從前天便失去了蹤影，隨后，她從老鴇處得到了趙冰冰那天的通話記錄，而俞北平等人通過搜查舞廳的后臺以及趙冰冰的住所，發現了異樣。搜查結束后，眾人在會議室碰面，通過分析從老鴇

吳昆才雖有怨氣，但最后還是被何群說服。而鄭翊為了最快平息清城亂局，派了軍隊鎮壓游行的群眾，并四處抓捕學生。徐丹妮的學校也遭遇此劫，為了避免女兒受到傷害，俞北平來徐丹妮學校接她，卻遭徐丹妮抗拒，俞北平只能無奈看她跑開。隨后，俞北平向下屬詢問遲又一的下落。鄭翊同何群策劃“比基尼”計劃的事，提出制造南京正在同蘇聯談判的假象，等美方一走，他們便將南京送給蘇聯，以此來阻止共軍南下的步伐。 此方法雖很冒險，但此時已無其他辦法。同時，鄭翊也提出要從徐丹妮下手，來壓制俞北平。為誘導徐丹妮，宋強等人找到遲又一，要求他為已方辦事。在宋強的威逼利誘下，遲又一遲遲不肯妥協。正在僵持之際，鄭翊趕到，見遲又一還沒被拿下很是不滿，便提醒宋強要善用攻心之計。之后，宋強抓了遲又一的妻兒脅迫遲又一，遲又一只能妥協。范自強經過面目調整后，成功化身為李可夫，并按鄭翊的安排到咖啡館同吳昆才見面。吳昆才告知他幾日后準備同一個南京來的高級參謀見面，以此來制造南京已經甩掉美國，轉而向蘇聯合作的假象。俞北平在從徐丹妮學校回住所的路上，跟程忠義交談來了解林莎以及她的哥哥林沖曾經的狀況。另一方面，美方驚訝地發現李可夫并沒有隨蘇聯談判小組回