平松正樹刺殺了社長梅谷四朗，在乘車逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時的錄像帶后的柯南發(fā)覺了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車場后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認了罪行。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨對峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

在電梯邊被殺的中條寫下暗號『○×△』。還有一個文字是在殺害現(xiàn)場的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機的存在從而推理出死亡信息的真實意義。原來死亡信息很像是文字的部分，像記號般的文字。而在對照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！

帶著小蘭抽到的一張餐飲招待券，柯南一行人來到中華街的一家餐廳，并在那里與剛結(jié)識的幾名電影相關(guān)人士同一桌吃飯，只是沒有想到坐在柯南旁邊的川端突然毒發(fā)身亡，之后，警方介入調(diào)查但并未從川端的衣物上檢查出毒物反應(yīng)，反而從他使用的盤子和毛巾上測出毒物，警官便因此懷疑坐在死者身邊的小五郎。而另一邊，身體不適的小蘭也不知所為何事而心事重重。

從現(xiàn)場調(diào)查回來以后，柯南已經(jīng)知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬事俱備，柯南用花言巧語讓小五郎做了特別辯護人，開庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。