某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽(tīng)到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過(guò)三通電話(huà)，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無(wú)頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說(shuō)這個(gè)人已經(jīng)出車(chē)禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話(huà)查詢(xún)。

平次和和葉子預(yù)定來(lái)找柯南，但到了預(yù)定時(shí)間還沒(méi)有出現(xiàn)柯南他們很擔(dān)心。小蘭突然想起了服部說(shuō)過(guò)要和一個(gè)叫楠川的偵探見(jiàn)面。不久柯南他們?cè)陂ǖ墓⒄业骄€(xiàn)索后來(lái)到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱(chēng)平次他們的事自己完全不知情。但此時(shí)服部和和葉正被關(guān)在他家的房頂里，原來(lái)伊藤的目的是為了逼迫平次解開(kāi)放有自己偷稅證據(jù)的銀行保險(xiǎn)箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險(xiǎn)？

與黑色組織面對(duì)面 滿(mǎn)月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車(chē)廂的小蘭突然沖出來(lái)，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無(wú)辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來(lái)就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話(huà)找出黑暗組織的boss？

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話(huà)要求贖金3千萬(wàn)圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對(duì)方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車(chē)逃走。但是，在警察的追蹤中，車(chē)子突然消失在隧道里！