柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學(xué)，當(dāng)時(shí)三個(gè)人優(yōu)哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當(dāng)時(shí)米小圈還抱著一個(gè)大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車(chē)直接沖著他們?nèi)齻€(gè)人過(guò)來(lái)，當(dāng)時(shí)鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車(chē)最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開(kāi)眼睛，發(fā)現(xiàn)自己與死亡擦肩而過(guò)，卡車(chē)翻倒在他旁邊，恰好留下一個(gè)空隙，這個(gè)空隙中就有米小圈，真是萬(wàn)幸中的萬(wàn)幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠(yuǎn)處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發(fā)現(xiàn)自己在鐵頭的懷抱中毫發(fā)無(wú)損，頓時(shí)感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當(dāng)場(chǎng)就語(yǔ)塞，平日里與鐵頭形影不離，關(guān)鍵時(shí)刻鐵頭卻選擇了保護(hù)姜小牙。當(dāng)天，學(xué)校便因?yàn)殍F頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學(xué)校有名的通訊小記者何詩(shī)雨特意來(lái)到米小圈班級(jí)采訪調(diào)查，李黎艷羨地看著何詩(shī)雨，這個(gè)全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫(xiě)出的采訪稿都能夠轟動(dòng)全校，果真何詩(shī)雨采訪了米小圈班級(jí)同學(xué)，只撿對(duì)鐵頭有利的說(shuō)，用生動(dòng)形象的語(yǔ)言把鐵頭塑造成一個(gè)妥妥的小英雄。米小圈開(kāi)始和鐵頭疏遠(yuǎn)，鐵頭成了名人，卻一臉不開(kāi)心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學(xué)了，鐵頭拉

唐三召喚出藍(lán)銀草，藍(lán)銀草迅速長(zhǎng)大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒(méi)有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實(shí)了唐三的第二魂環(huán)繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍(lán)銀草的種子神不知鬼不覺(jué)埋在對(duì)手的皮膚表面，然后用鬼藤把對(duì)手死死纏繞。唐昊蒙面來(lái)到諾丁城，他當(dāng)街?jǐn)r住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當(dāng)天夜里，諾丁城里歡聲雷動(dòng)，人們自動(dòng)取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來(lái)，交給他一瓶修復(fù)武魂的藥水，讓他們?nèi)擞猛暌院蠛煤眯菹⒁煌恚涂梢酝耆謴?fù)了，唐昊承認(rèn)殺死了諾丁城主，他不想驚動(dòng)唐三，想不告而別。唐三突然跟出來(lái)，他通過(guò)藍(lán)銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認(rèn)錯(cuò)，發(fā)誓再也不會(huì)離開(kāi)家，答應(yīng)以后再也不問(wèn)他以前的事了，就想和唐昊繼續(xù)在這里隱居，平平安安過(guò)一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨(dú)立，讓玉小剛帶他去一個(gè)最適合的地方，說(shuō)完這些話，唐昊就揚(yáng)長(zhǎng)而去。唐三向大師打聽(tīng)父親的真實(shí)身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學(xué)苑，成為最強(qiáng)大的魂師，由于唐昊堅(jiān)決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細(xì)介紹了七大宗門(mén)辦的魂師學(xué)苑，各大門(mén)宗都很排外，一旦加入終身不得

走在櫻花盛開(kāi)的小道上小蘭不由得想起了與新一的初次相遇，那還是在上幼稚園的時(shí)候。急忙趕去上班的小五郎不小心踩壞了小蘭的櫻花名牌，英理只能先給女兒用紙做了一塊名牌應(yīng)急，但小蘭卻因?yàn)檫@塊名牌受到其他小朋友的譏諷，同樣是櫻花班的新一稱(chēng)自己也丟了名牌，他要求小蘭也為自己做一個(gè)。

毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉(cāng)庫(kù)抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。