電視臺(tái)要制作與小五郎24小時(shí)密切接觸的電視節(jié)目，為了討論節(jié)目?jī)?nèi)容，小五郎帶著柯南和小蘭隨節(jié)目制作公司的社長(zhǎng)染井彰吾一起前往東都電視臺(tái)制作人中目賴策的家中商討方案，沒想到大門竟然上了鎖而且按門鈴也沒有回應(yīng)，于是請(qǐng)來(lái)管理員打開門進(jìn)入公寓，出現(xiàn)在他們眼前的是因喝下毒咖啡而身亡的中目的尸體，從在桌面和地面上打翻的咖啡痕跡，柯南看出這是一起密室殺人案。

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見面的餐館時(shí)碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國(guó)中同學(xué)的時(shí)候，遇到了拿著照片四處詢問的本堂英祐，照片上的人正是水無(wú)憐奈，但英祐卻堅(jiān)持認(rèn)為水無(wú)憐奈和姐姐是兩個(gè)人，于是，小蘭打電話給水無(wú)憐奈的超級(jí)粉絲庵野進(jìn)行確認(rèn)，沒想到對(duì)方竟然說(shuō)她打錯(cuò)了，隨后一行人來(lái)到庵野家，他的母親正準(zhǔn)備出門取錢，柯南察覺到事有蹊蹺，斷定讓她打錢的那個(gè)人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無(wú)憐奈也進(jìn)入了正題。

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個(gè)冒牌飼主二本松，雖被識(shí)破但他還是用花言巧語(yǔ)騙過(guò)了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會(huì)冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

沒過(guò)多久本堂瑛佑再次找到小五郎說(shuō)他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說(shuō)兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國(guó)女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無(wú)憐奈車禍現(xiàn)場(chǎng)的人。