在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當做根據地的貓咪，他們不小心被關進了宅急便的配送冷藏車內。想辦法離開的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時手機又恰好沒電，拿出手邊所有東西的他們準備想辦法向外界求助。

阿笠博士住在鄉下的老友龍太郎那里剛好有元太他們想要的深山楸形蟲，在柯南等人捉蟲回來時卻發現龍太郎大叔倒在了地上，門口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個字后龍太郎便暈了過去。與龍太郎有土地邊界問題糾紛的周平和時常會偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關系而被懷疑，經過調查而前往道之站的柯南認為兇手另有其人。

少年偵探團和阿笠博士一起應邀參加冰雕祭奠，而邀請他們的則是前任村長的女兒美加小姐，來到祭奠的他們還看到了技藝精湛的冰雕師傅鹽田。鹽田先生為祭奠所設計的冰雕旅館卻成為了結束祭奠的誘因，現任的山口村長準備停止祭奠和東都休閑產業合作，就在大家忙著修理冰雕大門的晚上村長死在了冰雕旅館之中，而晚上起來方便的光彥聲稱看到了村長的幽靈。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調查伴場先生時發現了一件事，初音小姐和伴場先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會中撫養長大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據都指向了伴場先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實。

繼輕井澤別墅中的若松先生遇害之后，他的兒子玉郎也在東京的家中被毒殺，不可思議的是除了玉郎吃掉的那塊蛋糕意外并沒有發現其他的蛋糕上有毒。于此同時，大和敢助警官等人注意到了被殺害的若松先生浴室的瓷磚是運用了一種名為陰影鉆石錯視的會引發視覺錯覺的形狀，總算讓若松社長的死亡訊息再次顯現出來，而現實出的字母竟是SON。