柯南他們接受了委托，決定去解開似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關(guān)聯(lián)的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到達(dá)旅館后，卻聽說已經(jīng)有個(gè)自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館，不久之后卻發(fā)現(xiàn)假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的隨身物品中有一份過期的報(bào)紙和夾在其中的頭發(fā)，在柯南的提示下小五郎解開頭發(fā)的秘密慢慢接近真相。

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

佐藤警官推理出小倉(cāng)原本逃脫的計(jì)劃，柯南指認(rèn)出進(jìn)入廁所的關(guān)鍵的三人。在調(diào)查了三名嫌疑犯以及攜帶物品之后柯南解析出犯人的犯罪手法和遺留的證據(jù)。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口誤。雖然兇手一再否認(rèn)，但隨聲攜帶的報(bào)紙成為了逃不掉的鐵證。在罪犯逃跑的過程中被高木警官一罐子擊暈，案子最終成功告破。

博士請(qǐng)大家在一個(gè)叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點(diǎn)，期間，在靠窗位置有兩個(gè)正在爭(zhēng)吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時(shí)，突然沖進(jìn)了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長(zhǎng)大原，意外發(fā)生時(shí)，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場(chǎng)看似意外的案件其實(shí)是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？

柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉(cāng)。途中車內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉(cāng)要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉(cāng)血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。