董卓欲廢舊立新，自己登基做皇帝。董卓在京城濫殺無辜，一片暴亂。袁紹曹操（鮑國安飾）丁原等人反對董卓此舉，董卓舉兵殺向丁原，不料丁原手下呂布勇武。手下謀士提議說服呂布來投，只需赤兔即可。呂布被策反，取丁原頭顱投靠董卓，董卓依靠呂布再次召集眾臣商議廢除皇帝之事，再次遭到袁紹曹操的反對，董卓不顧反對，進軍長安，垂簾聽政。

董卓見呂布戰(zhàn)敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發(fā)生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設(shè)下連環(huán)計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發(fā)生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰(zhàn)中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務(wù)農(nóng)，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮(zhèn)東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務(wù)。曹操與呂布混戰(zhàn)，收復(fù)兗州。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災(zāi)難性的打擊，巳月接到的任務(wù)是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

博人從昏迷中蘇醒，得知雛田為保護鳴人受傷，而鳴人也被大筒木一族帶走。這次爆炸雖然沒有村民死去，但醫(yī)院里滿是受傷的人們，博人內(nèi)疚跑出醫(yī)院，來到火影的辦公樓，但鳴人已經(jīng)不在了。博人穿上鳴人曾經(jīng)的衣服，此時佐助和其他影出現(xiàn)，佐助決定帶博人一起去營救鳴人。

金庫的寶石一顆不剩全被盜走，博人等人解決的事件正是白夜團用來轉(zhuǎn)移注意力的佯攻，自稱義賊的白夜團在各個村子興風(fēng)作浪，但卻從來沒有留下作案痕跡。佐良娜通過金庫前冰結(jié)的鮮花推斷對方是會使用冰盾的忍者，他們通過這點著手展開了調(diào)查，掌握到白夜團的行蹤的博人一行也看到了被白夜團幫助的村民，眼前的一切讓博人不知該如何來衡量善惡。