少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動！

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進(jìn)行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒錯，這些恐怖現(xiàn)象確實是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！

朱蒂準(zhǔn)備辭去學(xué)校英語老師工作回美國。小蘭和園子為朱蒂舉辦了送別晚會，在去找中學(xué)同學(xué)七川的時候卻發(fā)現(xiàn)她正被打工的便利店里的訓(xùn)斥。為了洗清朋友小偷的嫌疑，小蘭她們開始尋找沒有留下一點痕跡的小偷。但是從監(jiān)控錄像和店長的證詞中都沒有小偷的蹤影，而店長也準(zhǔn)備把七川送到警察局！

少年偵探隊這次在阿笠博士的帶領(lǐng)下欣賞精神隊的游行隊伍，沒想到巧遇便衣執(zhí)行任務(wù)的佐藤警官，因為警政廳收到一封反精神隊球迷的警告?zhèn)髡妫A(yù)言這場游行將有意外發(fā)生，所以警局才會派警員混進(jìn)游行隊伍進(jìn)行調(diào)查，首先出事的是高木警官的車，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時，又發(fā)生了一起爆炸事件。

震撼警視廳 1200萬人質(zhì) (之一)佐藤警官回憶起了三年前發(fā)生的事情，當(dāng)時她所在的搜查科來了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動。某日，警局再次收到了連續(xù)三年都在這一天發(fā)來的傳真，看過內(nèi)容后，松田不由分說的趕去摩天輪，并在那里發(fā)現(xiàn)了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報仇，他只身犯險，卻不幸殉職。這時，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥警官，豈料悲劇再度發(fā)生。