外出露營的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

高木警官突然來電要找柯南，他說柯南是殺人事件的知情人。畫家北園青峰下午三點(diǎn)半左右在家被人殺害， 警方為了確定嫌疑人之一北園先生的弟子西山大樹的不在場證明把柯南叫來，因?yàn)槭掳l(fā)當(dāng)日西山將柯南和朋友們作為模特畫了一幅風(fēng)景畫。北園先生的兩位弟子和妻子都似乎與北園先生有過糾紛，這次的案件讓警察們陷入困局。

阿笠博士中獎(jiǎng)拿到了餐飲券，少年偵探團(tuán)便跟著來到了位于米花百貨商店頂樓的高級(jí)餐廳，但是那里的主廚卻被人刺中腹部受到重傷。柯南見狀馬上聯(lián)系了百貨商店各處的偵探團(tuán)成員，正在挑選禮物的步美等人立馬去樓梯口尋找犯人的下落，但當(dāng)警察來后他們?nèi)说淖C詞卻完全不一樣。

通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當(dāng)二人交談甚歡時(shí)，突然有一輛車從沿海公路上沖破護(hù)欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實(shí)施救援，卻發(fā)現(xiàn)駕駛員已當(dāng)場死亡。根據(jù)秀一的推斷，案發(fā)前車上應(yīng)該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點(diǎn)重重……

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……