柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

小蘭的母親妃英理在自己的事務(wù)所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進(jìn)了廢棄的大樓內(nèi)，并用搶來的手機(jī)向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發(fā)的信息內(nèi)容，從中獲得了一些線索后柯南帶領(lǐng)小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點(diǎn)可能有兩處，柯南能在危急時(shí)刻找到正確的位置嗎？

警方開始調(diào)查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場證明，小五郎斷言這是一場意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報(bào)告中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)檢查發(fā)現(xiàn)Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來水，而O太郎的房間里發(fā)現(xiàn)了監(jiān)聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

一家房地產(chǎn)公司的黑心社長東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預(yù)告電話，而對方的目標(biāo)就是東先生。嫌疑人有三個(gè)，小五郎和柯南一一找他們確認(rèn)過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個(gè)嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

建太去撿球時(shí)透過窗戶發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。