乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產(chǎn)生興趣。這時(shí)殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀(jì)曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀(jì)曉嵐仔細(xì)看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫(yī)為如玉療傷，卻發(fā)現(xiàn)如玉實(shí)為女兒身。得知紀(jì)曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀(jì)曉嵐。紀(jì)曉嵐苦口婆心規(guī)勸戴沾不要因一時(shí)沖動(dòng)而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀(jì)曉嵐《四庫全書》總纂官的職務(wù)，和珅幸災(zāi)樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報(bào)仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時(shí)想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關(guān)。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學(xué)，被乾隆指派到四庫館修書。

紀(jì)曉嵐與和聯(lián)手派人護(hù)送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時(shí)也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍?zhǔn)祝矍凹埌蛔』穑庪U(xiǎn)毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀(jì)曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內(nèi)，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀(jì)曉嵐巧設(shè)圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協(xié)助自己調(diào)查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應(yīng)召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時(shí)候。

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀(jì)曉嵐責(zé)怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態(tài)嚴(yán)重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當(dāng)聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀(jì)曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時(shí)大鬧順貞門的人，乾隆派紀(jì)曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責(zé)，紀(jì)曉嵐讓海升與其對質(zhì)，海升與小芳爭相認(rèn)罪，紀(jì)曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺(tái)寺。方丈受紀(jì)曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀(jì)曉嵐發(fā)現(xiàn)任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發(fā)芽的力量足以頂動(dòng)石頭而得出佛像破土而出是因?yàn)橥林新裼悬S豆的結(jié)論后，紀(jì)曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內(nèi)外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀(jì)曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻(xiàn)書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動(dòng)下，將顏驥全家賜死。紀(jì)曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點(diǎn)燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨(dú)特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認(rèn)為一切都因紀(jì)曉嵐而起，決定替父報(bào)仇，紀(jì)曉嵐扮作戲子，在戲臺(tái)之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

海升當(dāng)眾將和珅的馬車燒掉以示公正。海升對小月的英勇之舉很足贊賞，于是將小月帶回家中，并意欲將小芳許配給小月。得知海升燒車，紀(jì)曉嵐意識(shí)到和珅會(huì)有所報(bào)復(fù)，于是決定先下手為強(qiáng)，讓小月將此事告訴乾隆。眾御史都以紀(jì)曉嵐為楷模，于是都毫無例外地抽起了煙袋，紀(jì)曉嵐哭笑不得。小月本想替紀(jì)曉嵐相親，沒想到自己被小芳相中，不禁為難起來。和珅、紀(jì)曉嵐陪乾隆去香山燒香禮。乾隆從老僧口中得知由于有人在禁地開窯采煤，致使昔日流經(jīng)至此的泉水改道別流了，不禁大為震怒。紀(jì)曉嵐從老僧欲言又止的神情之中看出此事與和珅有關(guān)。