少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開(kāi)謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過(guò)程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

為了打開(kāi)藏有珍貴月長(zhǎng)石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書(shū)館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請(qǐng)各界人士前來(lái)打開(kāi)機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請(qǐng)，希望借此機(jī)會(huì)吸引基德并將其繩之以法。收到邀請(qǐng)函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開(kāi)機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動(dòng)。柯南能否順利找出基德真身？

唐三召喚出藍(lán)銀草，藍(lán)銀草迅速長(zhǎng)大，緊緊纏住玉小剛的手臂，還在上面寄生出新的藤蔓，玉小剛的傷口處都沒(méi)有感到一絲疼痛，他欣喜若狂，這就證實(shí)了唐三的第二魂環(huán)繼承了鬼藤的寄生能力，以后就可以把藍(lán)銀草的種子神不知鬼不覺(jué)埋在對(duì)手的皮膚表面，然后用鬼藤把對(duì)手死死纏繞。唐昊蒙面來(lái)到諾丁城，他當(dāng)街?jǐn)r住城主的轎子，在大庭廣眾之下把他殺了。當(dāng)天夜里，諾丁城里歡聲雷動(dòng)，人們自動(dòng)取消宵禁，聚攏在街上載歌載舞。唐昊連夜趕回圣魂村，屏蔽唐三和小舞，悄悄把玉小剛叫出來(lái)，交給他一瓶修復(fù)武魂的藥水，讓他們?nèi)擞猛暌院蠛煤眯菹⒁煌恚涂梢酝耆謴?fù)了，唐昊承認(rèn)殺死了諾丁城主，他不想驚動(dòng)唐三，想不告而別。唐三突然跟出來(lái)，他通過(guò)藍(lán)銀草感知到有人走近，唐三跪下向唐昊認(rèn)錯(cuò)，發(fā)誓再也不會(huì)離開(kāi)家，答應(yīng)以后再也不問(wèn)他以前的事了，就想和唐昊繼續(xù)在這里隱居，平平安安過(guò)一輩子，唐昊想讓唐三盡快獨(dú)立，讓玉小剛帶他去一個(gè)最適合的地方，說(shuō)完這些話，唐昊就揚(yáng)長(zhǎng)而去。唐三向大師打聽(tīng)父親的真實(shí)身份，他避而不答，唐三想去最好的魂師學(xué)苑，成為最強(qiáng)大的魂師，由于唐昊堅(jiān)決不許唐三去武魂殿，玉小剛給他詳細(xì)介紹了七大宗門辦的魂師學(xué)苑，各大門宗都很排外，一旦加入終身不得

柯南和平次傳來(lái)歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長(zhǎng)詢問(wèn)細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房?jī)?nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過(guò)一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。