這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來到家里，而小五郎他們?cè)陂T口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對(duì)情侶說要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

就在步美、元太他們因?yàn)槊魈炜床坏狡诖那騿T上場(chǎng)而唉聲嘆氣時(shí)，結(jié)識(shí)了一個(gè)名叫代田恭三的男人，他將對(duì)明天無限憧憬的正能量傳達(dá)給了少年偵探團(tuán)，大家也因此變的積極起來，但柯南卻察覺到這個(gè)人的異常，果不其然這個(gè)看似充滿希望的人卻企圖臥軌自殺，這到底是為了什么？小蘭誤接了“紅色長(zhǎng)袖t恤之謎”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百貨公司會(huì)見委托人，不想?yún)s在這里遇到……

大家二次來到倉(cāng)庫(kù)后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉(cāng)庫(kù)之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

柯南他們?cè)诿谆ò儇洿髽抢镉龅搅艘粋€(gè)被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個(gè)人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對(duì)如此危機(jī)的狀況，柯南將如何應(yīng)對(duì)？與此同時(shí)，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現(xiàn)在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險(xiǎn)”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動(dòng)，這個(gè)人真的是赤井秀一嗎？