大名鼎鼎的巽律師找小五郎來酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過巽律師家時，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明，柯南決定重回酒店開始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個。

兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發(fā)現(xiàn)兇手就在屋內(nèi)，并且否定了兇手是老板的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應(yīng)，對柯南產(chǎn)生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老板和綾子的手法。為了保護(hù)自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，可讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅?；顒右?guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

毛利蘭在網(wǎng)咖與委托人水谷雪乃視訊，雪乃表示遭到男友久保健介家暴與跟蹤，因為不知所措，所以找毛利小五郎商量。不過由於小五郎跑去看偶像演唱會，所以今天只好由小蘭跟她視訊連線?？墒蔷驮趦扇诉B線途中，突然聽到用力敲門的聲音。雖然小蘭一直勸雪乃不要開門，可是雪乃還是受不了去開了門，後來雪乃從畫面中消失，只聽到她的求救尖叫聲。很擔(dān)心的小蘭馬上找新一到雪乃的公寓去，可是在那里卻只看到雪乃的血跡...