妃英理律師與號(hào)稱美女檢察官的九條對(duì)簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時(shí)候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對(duì)咄咄逼人的檢察官，妃英理勢(shì)必會(huì)陷入一場(chǎng)硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

光彥暑假?zèng)]有來做廣播體操，柯南他們?cè)煸L光彥家，得知光彥一早就出去一個(gè)人去野營(yíng)。實(shí)在沒有理由來解釋光彥的單獨(dú)行動(dòng)。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個(gè)小站。而且似乎是進(jìn)入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。柯南他們得知之前連續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個(gè)森林中，不由得為光彥擔(dān)心起來！

出席熊本網(wǎng)球大會(huì)的柯南他們，大會(huì)當(dāng)日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內(nèi)容判斷出小蘭現(xiàn)在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機(jī)中接收到的兩條短信的內(nèi)容后，知道內(nèi)容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發(fā)現(xiàn)立川的目的。頒獎(jiǎng)典禮上立川果然當(dāng)中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復(fù)仇之路。

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說這個(gè)人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。