園子的叔叔次郎吉因為抓不到基德而整日噩夢纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺設在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現并成功拿到寶石，就在這時，四個路口被巨大的網子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動到了30公尺高的大樓，因為其中一顆寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會再來。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫院找姐姐的時候發現了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫院打聽水無憐奈的事情。

FBI的所有警員立刻將送至各個病房的炸彈進行回收，就在這時，水無憐奈出現在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發現她好好的躺在那里，而這其實才是黑暗組織的目的，他們在炸彈上還安裝了發訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經暴露，那就只能立刻將她轉移，為混淆視聽，FBI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。

為搜集線索，警方決定去死者摔下來的懸崖一探究竟，然而除了雪人什么也沒有，突然刮起一陣大風，元太為拿回被風吹走的手套跌倒在雪地上，他說自己聞到了一股咸咸的味道，這無疑給柯南提供了一條重要的線索。就在警察要以意外事件了解此案時，阿笠博士叫所有人來到堆放雪人的地方，柯南將警察山村麻醉，躲在雪人身后將兇手使用的手法一一道來。

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！