小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時刻元太的一句話提醒了他。

小五郎和他的大學(xué)同學(xué)在弁慶溫泉旅館舉辦柔道社同學(xué)會，參見的人都是小五郎的死黨，大家一時興起決定在煙火大會開始前打桌球消磨時間，只有由美一人回房休息，煙火大會開始前朋友們考慮到由美的脾氣，便沒去打攪她休息，結(jié)束后，大家一起去由美的房間，發(fā)現(xiàn)的卻是由美舉槍自盡的尸體，經(jīng)過檢查發(fā)現(xiàn)由美死于下午三點(diǎn)左右，也就是大家一起打桌球的時候。

柯南和步美他們一起玩捉迷藏的游戲，步美躲在一輛車的后車廂中，沒想到竟然睡著。元太一直都找不到步美，最后柯南終于用無線電和她聯(lián)絡(luò)上了步美，但步美卻在車的后備箱中發(fā)現(xiàn)了一個人頭！剛好此時有件連續(xù)綁架少女殺人事件，柯南懷疑那輛車的兩個男人就是那個事件的歹徒。為了救出步美柯南通過步美的描述利用滑板開始追蹤步美。最終柯南成功追上了步美但所謂的連續(xù)殺人犯卻是誤會一場。

小蘭找來醫(yī)生時，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現(xiàn)場，而服部已經(jīng)開始了對兇手的指認(rèn)，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動承認(rèn)，這時，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測，并對兇手重新指認(rèn)，服部甘愿認(rèn)輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識到老白干是讓他恢復(fù)原形的方法。