某天小五郎偶遇了大木田社長并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實，而從現(xiàn)場外面的花和點心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實身份并抓獲了犯人。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會時，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？

一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時大家在樓下的陽臺上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。

這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險……