根據(jù)紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發(fā)到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進了綁匪的據(jù)點。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時，柯南像是想到了什么，他獨自一人返回山里并在一棵樹下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒想到的是對方居然帶領(lǐng)了一大波人……

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個人都有作案動機和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產(chǎn)分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對供電的小房子進行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個！

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因為五年前他曾有過含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。