揭開(kāi)暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車(chē)上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開(kāi)了調(diào)查。

柯南用收據(jù)做出的特殊暗號(hào)被貓咪帶去保羅咖啡廳的時(shí)候被風(fēng)吹走了，在冷柜的他們情況很不樂(lè)觀，不能坐以待斃的他們又更改了送往阿笠博士家蛋糕的收獲地址，察覺(jué)到異樣的昴先生郵寄手機(jī)給貨柜里的柯南，但這一手法卻被犯人發(fā)現(xiàn)了。讓柯南沒(méi)有想到的是，前來(lái)解救他們的竟然是看到特殊暗號(hào)收據(jù)的波本。

通過(guò)新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁(yè)得到了一份乍看之下很簡(jiǎn)單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見(jiàn)面場(chǎng)所后依然沒(méi)有見(jiàn)到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開(kāi)事務(wù)所的他們發(fā)覺(jué)了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽(tīng)到了廁所里傳來(lái)的槍聲。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎(jiǎng)的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛(ài)情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開(kāi)業(yè)，而園子和小蘭則是這個(gè)店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎(jiǎng)的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

在靜岡縣寫(xiě)小說(shuō)的推理作家海棠千賀小姐招待毛利小五郎來(lái)她住的別墅，希望小五郎分享關(guān)于名偵探的辦案經(jīng)驗(yàn)，沒(méi)想到見(jiàn)面后卻沒(méi)有要聽(tīng)小五郎分享的意思，而是一直在說(shuō)自家人內(nèi)部的矛盾。次日早上醒來(lái)的柯南等人發(fā)現(xiàn)海棠一家還沒(méi)起床，再到臥室后才發(fā)現(xiàn)海棠夫婦以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒殺。