柯南離開時(shí)雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團(tuán)卻私自行動(dòng)，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報(bào)警的時(shí)候被歹徒發(fā)現(xiàn)。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習(xí)帶的目的后，歹徒惱羞成怒點(diǎn)燃屋內(nèi)的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們在搭乘湯之山縣的列車上，遇到了兩名爭吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

當(dāng)晚發(fā)生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時(shí)，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機(jī)的事實(shí)漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認(rèn)了因?yàn)槊妹玫娜ナ蓝饸⒛畹氖聦?shí)。

小五郎錄制全日本偵探社的錄制節(jié)目時(shí)，制作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因?yàn)樗巧鋼舾呤郑⑶宜诓シ艂商蕉唐乃姆昼妰?nèi)離開過攝影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在這么短的時(shí)間內(nèi)往返于九樓和四樓之間，在了解了大樓構(gòu)造后，柯南終于明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎并借來攝像機(jī)，向全國實(shí)況轉(zhuǎn)播了小五郎的推理秀。

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開通知信的暗號(hào)后來到杯戶市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長登上船只。