少年偵探團到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強盜集團的少年偵探團正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團的孩子們成功的化解了百貨公司的危機。

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學(xué)時代的同學(xué)大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋里喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調(diào)查下發(fā)現(xiàn)死者生田是在和同學(xué)聚會的途中出去后死亡的。而在勘察了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人使尸體自動摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認(rèn)了罪行并坦白了自己殺人的原因。

一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時大家在樓下的陽臺上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說出真相。

來到第4個房間，日期顯示的是小五郎策劃的一次婚禮的時間。這天，小五郎的朋友本木結(jié)婚，由小五郎策劃婚禮。新一被小五郎“聘用”為助理。新一在“工作”中發(fā)現(xiàn)本木與一個叫做娜娜的女生有外遇。在婚禮現(xiàn)場，新人收到了一個名為“偷吃我就殺了你”的祝福郵件，新一能保護好大家嗎？