小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請(qǐng)他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉(cāng)庫(kù)拿新作的時(shí)候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會(huì)中土屋益子也因?yàn)樽砭撇黄鸲槐Щ亓朔块g中。但在第二天早上，從倉(cāng)庫(kù)里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

柯南在死者村西真美家發(fā)現(xiàn)了四處疑點(diǎn)，在少年偵探隊(duì)的提醒和暗示下，高木終于知道了案件的真相，大家找到真兇用證據(jù)讓他承認(rèn)罪行。而另一邊，杯戶美術(shù)館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術(shù)館內(nèi)，情況危急，佐藤警官真的會(huì)葬身美術(shù)館嗎？

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車庫(kù)，看到車庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來到小惠家，然而此次前來的目的卻是……

少年偵探團(tuán)碰到了綠美容館的店長(zhǎng)綠和店員美香發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，因從中聽到美香要辭職的信息，步美表示很遺憾，但美香說可以幫步美剪次頭發(fā)。次日，大家陪步美去美香公寓時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)她橫尸家中，之后警方介入調(diào)查并從死者的指甲縫中發(fā)現(xiàn)藍(lán)色塑膠碎屑，這時(shí)店長(zhǎng)綠也趕來確認(rèn)尸體，柯南從她的表情和怪異的舉止斷定她就是兇手，可是兇器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目標(biāo)轉(zhuǎn)向垃圾，一番搜查后卻一無所獲，柯南這次真的判斷錯(cuò)誤嗎?

柯南一直到吃晚飯的時(shí)候都還不見蹤影，博士去找他時(shí)也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進(jìn)行搜索，然而他們卻沒有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進(jìn)一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時(shí)，兇手出現(xiàn)。