柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發生了爭吵，正準備上前阻止時，一位老人說這種爭吵已成家常便飯，不用理會。然而，第二天居然在這間公寓里發現了尸體，就在小五郎懊悔沒能救人時，事務所突然沖進了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發生了爭吵，可這根本就是死者所演的獨角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發現了其中的蹊蹺。

博士請大家在一個叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點，期間，在靠窗位置有兩個正在爭吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時，突然沖進了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長大原，意外發生時，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場看似意外的案件其實是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調查與警方發生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時村長船木出現并提出委托費為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進入神社的蘭的尖叫聲！？

小五郎詢問阿稔有關郵票的事情卻得到郵票已經不見了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂盒其實是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實原因其實是有人背后操作。而秋悟先生的音樂盒其實也只是一般的旅游紀念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂盒里暗語所指示出的郵票。